После начала вторжения гитлеровской Германии в Советский Союз 22 июня 1941 года, по решению Государственного Комитета Обороны, при Совете по эвакуации 11 июля была создана специальная группа инспекторов, возглавляемая А.Н.Косыгиным. Под контролем этой группы, во второй половине 1941 года, было полностью или частично эвакуировано 1523 предприятия, в числе которых 1360 крупных. Немалая часть из этих предприятий, в том числе оборонных заводов, была эвакуирована в Казахстан.


    В начале лета 1942 года, благодаря результативному, самоотверженному труду и организаторским способностям, 30-ти летнего Динмухамеда Кунаева, в один из самых сложных и ответственных для страны периодов, по представлению ЦК КПК и с согласования КЦ ВКП (б) в Москве, назначают заместителем Председателя Совета Народных Комиссаров Казахской ССР, где он начал курировать деятельность не только Коунрадского месторождения и предприятий Риддера, а всей индустриальной промышленности республики, включая предприятия цветной металлургии, угольной и нефтяной промышленности, электростанций, железных дорог, транспорта и автотранспорта, оборонных заводов. Кунаев стал самым молодым руководителем высшего звена республики в те годы. 



    На встречах с Первым секретарем ЦК КПК Скворцовым, Председателем СНК Ундасыновым и вторым секретарем ЦК КПК Шаяхметовым, производится разбор положения дел в промышленности республики. В качестве первостепенных задач были обозначены следующие: особое внимание обратить на работу Ленгерского угольного управления, так как от него зависела бесперебойная работа электростанций юга Казахстана, особенно Алма-Аты, Киргизии и частично Узбекистана, а также было необходимо заняться приемом и размещением передислоцируемых оборонных заводов, которые прибывали в Алма-Ату, Петропавловск, Уральск, Акмолинск, Балхаш и другие города.
    В довольно короткий срок удалось установить хорошую связь со всеми крупными предприятиями цветной металлургии, угольщиками Караганды и Ленгера, оборонными отраслями промышленности.


    В конце июня 1941 года, Государственный комитет обороны СССР поручает увеличить выпуск вольфрамового и молибденового концентратов, в которых остро нуждалась военная промышленность, так как эти элементы использовались в том числе при подготовке брони для танков и иного вооружения. Кунаеву было поручено возглавить республиканскую правительственную комиссию по выполнению данного поручения.
    Следующие несколько месяцев Кунаев вместе с членами комиссии провели в Акчетау, где строился Акчетауский вольфрамовый комбинат. Комиссии поручалось не только поднажать на местных руководителей, но и оказать практическую помощь. С этой целью в состав комиссии включались квалифицированные специалисты, которые могли без согласования с центром по согласованию с комиссией принимать решения на местах, подключать дополнительные ресурсы и средства.
    Удалось в кратчайшие сроки наладить работу старательской добычи вольфрама, на комбинате была ускорена разведка и начались горные работы по эксплуатации месторождений, был составлен четкий план по ускорению строительства юго-восточного рудника, шахты Капитальной, обогатительной фабрики и ряда вспомогательных объектов, возросли темпы работ на строительстве шоссейной дороги Агадыр – Акчетау. Принятые меры дали хорошие результаты и через полтора месяца комиссия и руководители комбината сошлись во мнении, что задание ГКО будет выполнено в самые сжатые сроки и крупный комбинат по производству вольфрама вовремя вступит в строй.
    Вернувшись из Акчетау, по заданию ЦК, Кунаев выехал в Балхаш для ознакомления с состоянием добычи молибденовых руд, где еще в начале 1941 года инженеру Е.Антроповскому после длительных поисков удалось получить молибденовый концентрат из руд Коунрада. Впервые в мировой практике здесь извлекли молибден из медно-порфировых руд, за что создатели этой работы были удостоены Сталинской премии. Ведущее место на тот момент в добыче занимало Восточно-Коунрадское месторождение. На месторождении не хватало квалифицированных кадров, техники.
    По приезду в Алма-Ату, Кунаев подробно изложил ЦК и СНК состояние дел на Акчетау и в Восточном Коунраде. В итоге в Восточный Коунрад направили квалифицированных горняков из Майкаина и других рудников Казахстана. Но это не решало всех проблем, поэтому было решено обратиться к А.И.Микояну, члену ГКО. Вскоре, дополнительная помощь была получена, и по его указанию в Акчетау и Восточный Коунрад прибыли квалифицированные бурильщики и инженерно-технический состав с Урала. Результаты сказались незамедлительно: рудник объем добычи удвоил, а выпуск молибденовой продукции увеличился на 70%.
    В «Истории Великой Отечественной войны 1941-1945гг.» сказано: «Из каждых 100 тонн молибдена, добывающихся в стране во время войны, 60 тонн давали герои Балхашской степи, горняки рудника Восточный Коунрад». Как символ трудового подвига, на пьедестале комбинатовской площадки установлен танк «Т-34». Броню этих танков крепили вольфрам и молибден, полученный в Балхаше и Акчетау.

    Вспоминая работу заместителем председателя Совета Министров в годы войны, Динмухамед Ахмедович писал: «Лишний раз могу сказать, что люди трудились напряженно, выносили на своих плечах тяжесть войны. Шла настоящая борьба – работать без отстающих, больше дать стране металла, угля, нефти и другой оборонной продукции, быстро освоить и ввести в короткие сроки новые мощности предприятий. Мне часто приходилось во главе бригад ЦК и СНК выезжать на отстающие крупные предприятия тяжелой промышленности: на Акчисайский полиметаллический комбинат, Чимкентский свинцовый завод, на Гурьевнефть, в Акмолинск, в Балхаш и многие другие места. В Ленгере, особенно в Караганде, находился месяцами как уполномоченный ЦК КП Казахстана».

    Из многочисленных пусковых объектов, контролируемых Центральным Комитетом и Советом Народных Комиссаров, особо стоит отметить ввод в действие первого Казахского металлургического завода (впоследствии знаменитый КарМет комбинат). Эта задача была своевременно решена и завод дал первый металл 31 декабря 1944 года. На митинге от имени руководства республики, собравшихся строителей, монтажников, эксплуатационщиков и рабочих приветствовал заместитель председателя Совета Народных Комиссаров Казахской ССР – товарищ Кунаев.



    В этом ряду нельзя не сказать и о строительстве Усть-Каменогорского свинцового завода, позже свинцово-цинкового комбината. Строительством указанных объектов и других предприятий цветной металлургии в войну и после ее окончания занимался известный в стране деятель Дымшиц В.Э., с которым Динмухамед Ахмедович не раз встречался, и совместно решал крупные и малые проблемы, всегда находя общий язык.


    По воспоминаниям Кунаева, героически трудились тогда угольщики Караганды, которые в немалой степени компенсировали временную потерю Донбаса. Хорошо известен исключительный вклад геологов, горняков, обогатителей, металлургов, всех трудящихся Лениногорска, Балхаша, Ачисая, Зыряновска, Текели. Нефтяники Гурьева (ныне Атырау) надежно обеспечивали горючим танки, авиацию, автотранспорт защитников Родины.


    Героически трудилось в то грозное время колхозное крестьянское хозяйство, работники совхозов. За время войны республика дала стране и фронту много ценной сельскохозяйственной продукции, в первую очередь хлеба, мяса, овощей, картофеля. «Каждый пуд хлеба – удар по врагу», «Линия фронта проходит через наш колхоз» - эти лозунги делами подкрепляли сельские труженики республики. Мировой рекорд выращивания проса с гектара – более 200 центнеров с гектара – установил Шиганак Берсиев. Выдающихся успехов добились Ибрай Жахаев, Ким Ман Сам, Анна Дацкова, Жазылбек Куанышбаев, Сындыбала Онгарбаева, Досым Асанов, Петр Томаровский и другие земледельцы и животноводы.


    Свой вклад в укрепление оборонной мощи страны внесла и интеллигенция Казахстана, деятели науки и культуры, искусства. Республика в те годы стала средоточением ведущих научных сил страны. И.Бардин, Л.Берг, В.Вернадций, Н.Гамалея, Н.Зелинский, С.Струмилин, А.Фаворский, К.Сатпаев и многие другие ученые работали на победу.
    Казахстан в те годы стал одним из арсеналов фронта. Вклад Казахстана в общесоюзную экономику вырос как в традиционных сферах экономики республики, так и в тех, где все начато было с нуля.



  

    Как известно, в те годы Казахстан обеспечивал основные нужды меди, свинца Советского Союза. Кроме того, на базе разведанных месторождений были построены новые предприятия по добыче, обогащению и выплавке металлов. Казахстан начал давать 60% добычи молибдена, 65% металлического висмута, почти 80% полиметаллических руд Советского Союза.
Открытый Канышом Сатпаевым Джездинский рудник, за годы войны дал марганца в руде больше, чем за тот период все марганцевые рудники Венгрии, Румынии и Чехословакии, оккупированные гитлеровцами.

Осенью 1942 года линия фронта приблизилась к низовьям Волги, развернулось Сталинградское сражение.
Особо важную роль в снабжении фронта всем необходимым сыграл Казахстан. Западный регион Казахской ССР стал ближним тылом фронтов.
    Велась огромная работа по строительству фронтовых автобронетанковых, авиационных ремонтных баз и мастерских. В те суровые дни войны тысячи рабочих и служащих участвовали в строительстве аэродромов, дорог стратегического назначения и многого другого.
    В период нахождения Кунаева на этом посту в годы войны марганец Казахстана в СССР заменил украинский, добыча угля выросла по сравнению с довоенным периодом на 75%, нефти в 2,5 раза и превысила количество, добытое за весь предшествующий период.
    Казахстан был связан внутри железными путями со всеми регионами.
    «Работая довольно продолжительное время в СНК, я сталкивался со всеми сторонами жизни республики. Мои коллеги и сам председатель СНК выезжали в длительные командировки. Регулярно проводились заседания, заслушивались отчеты председателей исполкомов, наркомов, руководителей главков и предприятий, планы выпуска продукции, ход строительства промышленных и социально-культурных объектов, выполнение плана товарооборота, а то и сотни других вопросов. Порой необходимо было «выходить» на союзные Наркоматы, аппарат СНК ССР, заместителей председателя СНК (Сталина И.В.). Работали до трех-четырех утра, а рабочий день начинался с самого утра. Выезжая в области, кроме изучения работы и помощи промышленным предприятиям, приходилось заниматься заготовками хлеба, сахарной свеклы, хлопка, решением социально-бытовых вопросов. Словом, не было ни одной области, города, крупного промышленного предприятия республики того времени, где бы мне ни пришлось побывать. Накапливались знания, приходил опыт. Это были трудные, но героические годы. Самоотверженно выполнялись самые ответственные поручения партии… Нельзя идти в будущее, не опираясь на прошлое, не оценивая должным образом настоящее. Начатое в период войны строительство ряда крупных объектов имело наиважнейшее значение в росте мощи индустрии не только Казахстана, но и всей страны.» - вспоминал о тех годах Кунаев.
По окончанию войны, в 1945 году, Кунаев награждается медалью «За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.».

    В послевоенные годы Димаш Ахмедович продолжает работать в должности заместителя председателя СНК КазССР, под руководством Председателя СНК Ундасынова (с 1938 по 1951 год), первых секретарей ЦК КПК Скворцова (1939-1945), Боркова (1945-1946), Шаяхметова (1946-1954).
    В своей работе Кунаев опирался не только на опыт профессиональных специалистов, но, зачастую, и на практические народные знания. Вспоминал Димаш Ахметович и такой случай:
    «На IV съезде Коммунистической партии Казахстана, который проходит в феврале 1949 года, я был избран в члены ЦК КПК. Мы с Ундасыновым не смогли принять участие в работе съезда. По заданию ЦК мы находились в Кзыл-Ординской области, где в головной части канала Бурибай произошла очень серьезная авария: весенний паводок прорвал дамбу и грозил затопить Кзыл-Орду и прервать железнодорожное сообщение Центр – Средняя Азия. На ликвидацию прорыва были брошены большие силы. Работы велись под моим руководством. Приехали гидротехники из Ташкента и Алма-Аты, воинские подразделения. Но военные и железнодорожники не могли закупорить место прорыва. И тут однажды ко мне подошел глубокий старик исказал:
- Не мучайтесь! Для закрытия головы канала примените «карабуры».
- Что это за «карабуры»? – спросил я.
Старик объяснил: надо, мол, натянуть на земле арканы длиной метров в 15-20. Ни них положить камыш, солому, землю и свернуть ленту в тугой рулон. Затем этими рулонами перегородить прорыв. Вот и вся премудрость.
- Дай мне, начальник, - сказал в заключении старик, - пять-десять солдат, и я все сделаю.
Прорыв был закрыт в течение дня в результате использования «карабуров». Оказывается, еще во времена Тимура этот народный метод использовался для сооружения платин и перекрытия рек. Подумалось мне тогда: несмотря на огромную мощь современной техники, инженерную мысль, как мы все-таки бываем расточительны к народным знаниям, его великому историческому опыту. Получается,что один малограмотный старик утер нос военным батальонам вместе с десятками крупных специалистов. Спасибо тебе за науку, аксакал!» - писал в своих воспоминаниях Кунаев.



    Десять лет работы заместителем председателя СНК и СМ КазССР дали Кунаеву очень многое. Работа, проходившая под руководством бюро ЦК, учила острее и объемнее видеть жизнь, расширяла кругозор, повышала ответственность.  В эти годы Кунаев продолжает следить за развитием инженерной науки, непосредственно связан с учеными-горняками, является председателем государственной комиссии по выпуску горных инженеров в Алма-Атинском горно-металлургическом институте.

    В 1948 году Кунаев, обобщив накопленный производственный опыт на Коунраде и Риддере, защищает кандидатскую диссертацию, посвященную улучшению буровзрывных работ на рудниках Казахстана, получившую высокую оценку признанных специалистов.
    Проработав на посту заместителя председателя СНК и СМ КазССР с мая 1942 по декабрь 1951 годов (порядка 10 лет), Кунаев в последующем назначается Президентом Академии наук КазССР, сменяя на этом посту первого президента Академии – К.И.Сатпаева.