В конце 1951 года Динмухамеда Кунаева вызвал первый секретарь ЦК КПК Ж.Шаяхметов. Переговорив о текущих проблемах, включая вопрос организации предстоящей зимовки скота в республике, Жумабай Шаяхметович перевел беседу на идеологические темы, а затем рассказал о решении ЦК освободить от занимаемой должности Президента Академии наук КазССР К.И.Сатпаева в связи допущенными идеологическими и хозяйственными упущениями.
    Как вспоминал Кунаев, это решение было для него как снег на голову. Он знал Каныша Имантаевича как крупного геолога, относился с большим уважением. Далее Шаяхметов сказал, что ЦК хочет рекомендовать Кунаева возглавить академию, на что Димаш Ахметович ответил отказом.


    Через несколько месяцев Кунаева вновь вызвали в ЦК к Шаяхметову, где ему вновь было предложено возглавить академию. В этот раз в беседе принимал участие и второй секретарь ЦК. Вместе с Шаяхметовым они озвучили решение ЦК, и после длительного разговора получили согласие Кунаева. После собеседования в Москве в отделе науки ЦК ВКП (б) с Ю.А.Ждановым, 17 апреля 1952 года на сессии общего собрания Академии Наук КазССР Кунаев единогласно избирается в ряды академиков и становится Президентом академии.





    Примечательно, что К.И.Сатпаев лично рекомендовал Кунаева для избрания на этот пост. Кандидатуру Кунаева на собрании выдвинул академик А.Бектуров. Также в поддержку Димаша Ахмедовича выступили академики С.Н.Покровский, Н.У. Базанова, К.П.Персидский.


    Атмосфера в мире науки послевоенного периода была достаточно неспокойная. Как вспоминал Кунаев, ЦК на тот момент проводил линию несправедливых идеологических репрессий в отношении ряда крупнейших деятелей культуры и науки страны: К.И.Сатпаева, М.П.Русакова, А.К.Жубанова, К.Д.Джумалиева, историков Е.Бекмаханова, Б.Сулейменова, ученых-филологов Е.Исмаилова и К.Мухаметханова и других.
    Жестокая политика репрессий сопровождалась широкой кампанией в прессе, клеветы, обвинений в национализме, идеализации феодального прошлого в вопросах изучения дореволюционной истории Казахстана, фольклора, истории казахской литературы. Разгрому подвергались лучшие произведения художественной литературы. Такие, например, как роман М.Ауэзова об Абае. Одновременно наряду с тяжелыми обвинениями в печати и на собраниях общественности последовали и аресты известных деятелей, перечисленных выше. Обстановка была настолько нетерпимой, что М.Ауэзов, А.Жубанов и другие были вынуждены на определенное время покинуть республику.

    «Я считал и считаю, что это были абсолютно несправедливые и необъективные решения, которые проводились по указанию руководства ЦК и под контролем секретаря ЦК по идеологии М.Сужикова. В те дни я не был академиком и не мог плыть против течения, но я знал, что со временем мы отменим эти решения..», - писал в своих воспоминаниях Кунаев. В последствии, не без труда, удалось исправить допущенные ошибки и восстановить многих замечательных ученых в прежних правах.
Кунаев вспоминал, как однажды его вызвал Шаяхметов и поинтересовавшись чем занимается М.Ауэзов сказал:
- Сейчас к нам поступают сигналы: плохо ведет себя Ауэзов, повторяет старые ошибки, фактически оторвался от Казахстана и живет постоянно в Москве. Надо его вывести из состава академиков. На этом настаивает и отдел науки ЦК и секретарь Сужиков. Поговорите с ним и убедитесь, - заявил Шаяхметов.
- Нас не поймут, - убеждал Кунаев, - не только ученые, но и весь его многомиллионный читатель. Кроме того, в уставе Академии нет такого положения, чтобы исключить из академии, ведь академик – пожизненное звание.
- Надо выполнять решение ЦК, товарищ Кунаев – сказал напоследок Шаяхметов.
После этого разговора Кунаев немедленно вылетел в Москву и через отдел науки ЦК КПСС с большим трудом отстоял М.Ауэзова. Об этом впоследствии вспоминал на съезде писателей Казахстана П.К.Пономаренко в 1954 году.

    На тот момент в Академии было четыре отделения: минеральных ресурсов, физико-математических наук, биологических и медицинских наук, общественных наук. Отделения объединили 19 научно-исследовательских институтов, 9 секторов, астрономическую обсерваторию и ботанический сад.
    В соответствии с постановлением ЦК и Совета Министров КазССР задачи Академии заключались в том, чтобы значительно повысить эффективность научных исследований, углубить разработку важнейших проблем, укрепить связь с производством, расширить подготовку научных кадров, укрепить материально-техническую базу научных учреждений.

    Президиум Академии регулярно стал проводить свои заседания, слушать отчеты научных учреждений и отдельных ученых. Все это преследовало одну цель: вооружить ученых конкретной программой действий. Жизнь требовала укрепления отдельных институтов кадрами по важнейшим направлениям научных исследований.
    После детального знакомства с институтами Кунаев вылетел в Москву на встречу с Президентом Академии Наук СССР Несмеяновым Н.А. и его заместителем И.В.Бардиным. На встрече договорились, что в республику приедет группа ученых, чтобы на месте познакомиться с работой научных учреждений, советом и делом помочь казахстанским ученым. Такая группа вскоре приехала и очень плодотворно поработала в институтах Казахстана. В результате проделанной работы казахстанской науке была оказана серьезная поддержка, особенно в подготовке научных кадров.
    В сентябре 1953 года состоялся пленум ЦК КПСС, где Н.Хрущев резко критиковал республику и ее руководителей за допускаемые недостатки в сельскохозяйственном производстве, за плохое использование резервов, отсутствие предложений о развитии сельского хозяйства.


    На совещании, проводимом Шаяхметовым после данного пленума, ученым предлагалось дать свои предложения по увеличению производства зерна, других продуктов полеводства и животноводства. Вскоре Академией был разработан комплексный план мер, который был представлен в ЦК КПК. Как выяснилось после, ЦК республики учли далеко не все предложения партийных, советских, сельскохозяйственных органов и ученых. Например, расширение посевных площадей предусматривалось в объеме 2,5 миллиона гектаров в течение 4-5 лет, начиная с 1955.
    ЦК КПСС предложения республики не принял и сделал соответствующие выводы. В феврале 1954 года состоялся пленум ЦК КПК, на котором за неудовлетворительное руководство селом от работы освободили Ж.Шаяхметова и второго секретаря В.Афонова. Состоявшийся вскоре VII съезд КП Казахстана избрал первым секретарем ЦК П.К.Пономаренко, вторым секретарем ЦК Л.И.Брежнева.
    Пленум ЦК поставил перед трудящимися Казахстана задачу: для увеличения производства зерна освоить в течение 1954-1955 годов 6,3 миллиона гектаров новых земель. Так началась разворачиваться целинная эпопея. Только в первые два года в республику прибыло более 360,000 механизаторов, строителей, инженерно-технических работников, специалистов сельского хозяйства. В республику мощным потоком поступала техника.


    Ученые Академии, конечно, не остались в стороне. С коллективом института почвоведения, руководимым У.Успановым, Кунаев принимал активное участие в отборе, обследовании и выявлении целинных и залежных земель для освоения. Академия наук республики направила в землеустройство десятки комплексных экспедиций и отрядов. В ЦК не проходило ни одного совещания, где бы не заслушивалось мнение ученых. Свои предложения и соображения руководство Академии во главе с Кунаевым неоднократно докладывали П.К.Пономаренко и Л.И.Брежневу и, как правило, находили поддержку.
    Республика круто шагнула вперед, в 1954 году выполнив план по освоению целины и заготовив четверть милларда пудов хлеба, побив рекорд 1951 года в два с половиной раза.
    С первых же дней у Кунаева сложились хорошие деловые отношения с Пономаренко и Брежневым, что помогало решать важные задачи, стоящие перед Академией, а также получать дополнительную поддержку для ее дальнейшего развития.
    Так, в своем письме на имя первого секретаря КЦ КПК Пономаренко П.К. Президент Академии наук КазССР Кунаев просил ЦК оказать помощь Академии в улучшении материально-технической базы академии, выделении дополнительных площадей, строительстве новых помещений для нужд институтов, выделении существенных средств на закупку современного оборудования, обеспечении научных сотрудников жильем. Наряду с усилением материально-технической базы, некоторые из институтов также нуждались в расширении штатов. Кроме того, Кунаев просил одобрить создание новых научно-исследовательских направлений и институтов: нефти, микробиологии и математики. Создание новых институтов поддерживалось также АН СССР, институтом нефти, министерством нефтяной промышленности СССР. После ряда совещаний, предложения Кунаева были поддержаны руководством республики, назначены довыборы академиков и член-корреспондентов Академии.
    В сентябре 1954 Кунаев вылетает в КНР составе делегации деятелей китайско-советской дружбы, возглавляемой председателем правления Всесоюзного общества культурных связей – профессором А.Денисовым. Среди членов делегации: академики К.Островитянинов, А.Панкратова, ректор МГУ академик И.Петровский, президент академии художеств, народный художник СССР А.Герасимов, и др. За время путешествия делегация посетила Северо-Восточный, Юго-Восточный, Южный и часть Центрального Китая, посмотрела жизнь множества городов. В здании Академии наук Китая Кунаев выступил с лекцией о достижениях советской горной науки, а также выступил с докладом об успехах Казахстана за 30 лет в Институте национальных меньшинств, где учились представители всех наций, населявших Китай. В последний день визита делегация встретилась с выдающимися деятелями коммунистической партии Китая – Лю Шаоци (впоследствии председателем КНР) и главой госсовета (правительства) КНР Чжоу Эньлаем.





    Благодаря огромной поддержке ЦК и Совета министров республики, в Академии наук значительно повысилась эффективность входящих в ее состав научных учреждений. Был организован ряд институтов и лабораторий, играющих важную роль в развитии экономики и культуры республики. Академия наук стала одним из крупных научных центров, влияющих на развитие производственных сил Казахстана. Комплексные экспедиционные отряды Академии вместе с другими научными учреждениями выявили пахотнопригодных земель на площади около 23 миллионов гектаров.


    В 1955 году в марте в Москве проходила Сессия Верховного Совета СССР. Кунаеву было предложено выступить с докладом о состоянии дел в казахстанской науке. Димаш Ахмедович приехал в Москву пораньше и готовил доклад, когда его вызвали в постпредство Казахстана к Пономаренко.
    «Пономаренко с Брежневым находились в кабинете постпреда. Поздоровались. Пономаренко спросил, чем я занят? Ответил: готовлю выступление. Они засмеялись, и Пономаренко сказал: «Не мучайтесь, выступать не будете, а подготовленные материалы пригодятся вам на следующей сессии. Мы хотим сделать Вам предложение. На бюро ЦК мы утвердили Вас председателем Совмина республики, освободив от обязанностей Президента Академии наук. На сессии Верховного Совета республики внесем предложение о назначении Вас на новую должность. Что скажете на это?» Сказал: «Буду выполнять директиву ЦК.». «Мы так и думали», - заметил Брежнев. Сейчас поедем в ЦК, - сказал Пономаренко, - представим Вас Хрущеву. Будьте готовы, через двадцать минут выезд.» - писал в своих воспоминаниях Кунаев.
Хрущев принял очень вежливо. Поздравил с назначением, пожелал успехов в дальнейшей деятельности. Пономаренко и Брежнев рассказали о положении дел в республике и решили ряд кадровых вопросов. Беседа продолжалась не более тридцати минут. Это была первая личная встреча Кунаева с Хрущевым.
    После приема Пономаренко, Брежнев и Кунаев вернулись в постпредство. В связи с переходом на новую работу необходимо было определить преемника в Академии. Кандидатуры обсуждались долго. Брежнев рекомендовал молодого ученого-физика. Кунаев не соглашался и настаивал на кандидатуре К.И.Сатпаева. Пономаренко принял сторону Кунаева и они вместе убеждали Брежнева снять свое предложение и рекомендовать Сатпаева. Л.Брежнев согласился не сразу. Он ссылался на документ о крупных финансовых и бюджетных нарушениях в Академии в период работы Сатпаева, где было допущено незаконное расходование бюджетных средств свыше миллиона рублей. В конечном счете Брежнев сослался на решение бюро ЦК, если оно будет положительным, то он согласится. Бюро ЦК в скором времени приняло предложение Кунаева и К.И.Сатпаев снова стал Президентом Академии наук КазССР, а Димаша Ахмедовича в марте-апреле 1955 назначили Председателем Совета Министров КазССР.